В WebMoney Transfer поддерживается комплекс мер безопасности, позволяющий исключить возможность несанкционированного доступа к средствам и информации участников. Все процессы, происходящие в системе, - хранение WebMoney на кошельках, передача WebMoney от одного участника другому, пересылка сообщений по внутренней почте WebMoney Transfer кодируются по алгоритму, эквивалентному RSA, с использованием симметричных ключей длиной 1040 бит. Для каждой транзакции системой используются уникальные сеансовые реквизиты, и попытка их повторного использования мгновенно отслеживается и пресекается.
WebMoney Transfer устойчива к обрывам связи. Если та или иная операция не была успешно завершена, она не учитывается системой.
Таким образом, участник системы, соблюдающий правила по сохранности WM-идентификатора, пароля и файла с секретными ключами (этот файл необходимо хранить на сменном носителе в недоступном для посторонних месте), может быть уверен в абсолютной безопасности управления своими денежными средствами в системе.